מרכז פסיכופדגוגי היא תכנית חינוכית-טיפולית לילדים במסגרת בית הספר. תפיסת העבודה של המרכז נשענת על ההנחה כי תרפיה בית ספרית הנתמכת ע"י המבוגרים המשמעותיים שבחיי הילד בבית ובבית הספר משפרת את איכות היחסים שבין הילד למבוגר, מגדילה את גורמי ההגנה ומקטינה את גורמי הסיכון. כמו כן התכנית תורמת להשתלבות פרודוקטיבית של התלמיד בבית הספר.
המרכז פועל הן כמסגרת תרפויטית והן כמסגרת לימודית (נתון להחלטת בית הספר). אנשי הצוות במרכז הם רכז ומנחה בית ספרי, יחד עם פסיכולוג ויועצת בית הספר ומורים מקצועיים (תלוי בהחלטת בית הספר אם לתת גם מענה לימודי).
מטרת התכנית היא סיוע בהכנת שיעורי בית, שיפור מיומנויות למידה, קידום התלמיד מבחינה לימודית וכן מתן מענה רגשי-לימודי לתלמידים במסגרת בית הספר.
בשנה"ל תשע"ז התכנית פועלת בבי"ס אחד.