תכנית "מופ"ת באקדמיה" היא שיתוף פעולה שמקדמת עיריית ראשון לציון בין אוניברסיטת בר אילן לעמותת מופ"ת. התכנית פותחה כמתן מענה לתלמידים מצטיינים, בעלי יכולת וסקרנות אינטלקטואלית. בכיתה ז' עוברים התלמידים המצטיינים מכינה ממיינת שבה בוחנים את כושר החשיבה, הניתוח והלוגיקה שלהם. לאחר מכן הם ממשיכים למכינה מגבשת, שבמקביל ללימודי המתמטיקה והפיזיקה הנלמדים, מתקיים גיבוש כיתתי. בכיתה ח', מתחילים התלמידים לראשונה להיחשף לתכנים אקדמיים (מול"א - מוכנות לאקדמיה), כאשר במקביל ללימודיהם בבית הספר הם לומדים קורסי חובה במיומנויות למידה. בכיתה ט' משתלבים התלמידים המצטיינים בקורסים אקדמאיים שנצברים להם לתואר.
מכיתה י' עד י"ב לומדים התלמידים בין יומיים לשלושה ימים בשבוע באוניברסיטת בר אילן, מרביתם לתארים במתמטיקה, פיזיקה, כימיה, ביולוגיה, מדעי החברה, מדעי הרוח ומחשבים. התכנית מאפשרת להם ללמוד בעלות מסובסדת ועיריית ראשון לציון עושה מדי שנה מאמצים לקיים את הלימודים בראשון לציון על מנת להקל על התלמידים בהתניידות בין בית הספר לאוניברסיטת בר אילן, כשאר בכיתות י' עד י"ב לומדים התלמידים באונ' בר אילן בצוותא עם סטודנטים מן המניין.